Kolejną kwestią jest grubość warstwy. Zbyt cienka warstwa PCM (np. 1–2 cm) nie zapewni wystarczającej pojemności cieplnej, by zrównoważyć dobowe wahania temperatury. Praktyka pokazuje, że optymalna grubość to 3–5 cm, a w przypadku dużych przeszkleń nawet 8 cm. Należy też unikać stosowania różnych typów PCM w jednym pomieszczeniu – mieszanie materiałów o różnych temperaturach topnienia
